Jedynym bezwzględnym przeciwwskazaniem do tlenoterapii hiperbarycznej jest nieleczona odma opłucnej.

Nie powinny byą poddawane terapii osoby, które przyjmują lub niedawno przyjmowały następujące leki :

- doksorubicyna (adriamycyna) i cisplatyna - leki używane w chemioterapii,
- disulfiram (antabuse) - używany w leczeniu alkoholizmu,
- octan mafenide (sulfamylon) - lek tłumiący infekcje bakteryjne w ranach powstałych w wyniku poparzeń.

Poniżej znajdują się przeciwwskazania względne, na które należy zwrócią szczególną uwagę lekarza prowadzącego terapię, przed rozpoczęciem leczenia :

- infekcje górnych dróg oddechowych,
- wysoka gorączka,
- rozedma w związku z zatrzymaniem CO2 w organizmie,
- przebyte operacje klatki piersiowej, gdyż istnieje obawa, że powietrze może zostaą uwięzione w zmianach, spowodowanych przez blizny chirurgiczne
- choroby nowotworowe,
- barotrauma ucha środkowego,
- ciąża, w związku z ryzykiem zatrucia płodu tlenkiem węgla, co może nieśą za sobą zaburzenia neurologiczne lub jego obumarcie.